Dilansir dalam laman www.kelimutu, perubahan warna pada ketiga danau di gunung kelimutu terlepas akan kepercayaan masyarakat, terjadi karena pengaruh dari mekanisme vulkanis di kawasan tersebut. 

Terjadinya aktivitas vulkanis yang mendesak gas-gas di dalam bumi hingga keluar ke permukaan, gas itu bereaksi dan bercampur di danau dan menyebabkan perubahan warna air danau.

Warna air pada kawah, terutama Kawah Tiwu Nua Muri Koo Fai, dipakai sebagai parameter penting dalam penentuan status aktivitas bencana. 

Perubahan warna dari hijau menjadi putih menandakan meningkatnya aktivitas Gunung Kelimutu.

Perubahan warna ini tidak mempunyai pola yang jelas, tergantung aktivitas magmatic yang terjadi.

Para ilmuwan yang telah melakuka survei geokimia pada danau, menemukan bahwa air di setiap danau ditemukan berbeda secara kimia sehingga menghasilkan warna yang bervariasi.

Danau Ata Mbupu adalah danau kawah volkanik sulfat-asam yang lebih aktif pada tahun 1970-an daripada sekarang, sedangkan Danau Ata Polo adalah danau asam-garam dan bersifat intermediate dalam aktivitas vulkanik. 

Perubahan warna yang sering terjadi adalah karena perubahan dalam keadaan oksidasi air. 

Secara sederhana perubahan warna danau mirip dengan bagaimana warna darah terlihat melalui kulit kita. 

Ketika terjadi kekurangan oksigen, air terlihat hijau seperti urat di pergelangan tangan. 

Demikian pula, ketika danau kaya oksigen, maka akan tampak merah atau kehitam-hitaman.

Saat ini, dilansir dari berbagai media warna danau kelimutu saat ini masih cenderung berwarna hijau dan hijau kebiruan.

Cara Menunuju ke Kelimutu

Untuk menuju Gunung Kelimutu, perjalanan dapat ditempuh dari kabupaten Ende ke Desa Moni. 

Desa Moni adalah sebuah desa yang berada di kaki Gunung dengan jarak perjalanan 65 KM atau setara 3 jam dari Kabupaten Ende.