Bukti arkeologis dan linguistik menunjukkan pulau-pulau tertentu didedikasikan untuk kegiatan khusus.

Dapahu digunakan untuk persiapan makanan dan pembangunan kano.

Peinering sebagai tempat pembuatan minyak kelapa.

Sapenlan sebagai tempat pemujaan.

Dan Kohnderek sebagai tempat untuk orang menari dan anointing (tindakan ritual menuangkan minyak aromatik ke kepala atau seluruh tubuh) untuk orang mati.

Penguasa yang kuat

Nan Madol dipimpin oleh dinasti yang dikenal sebagai Sau Deleurs.

Di bawah pemerintahan mereka, orang-orang Pohnpei tidak hanya membangun struktur Nan Madol, tetapi juga wajib memberikan upeti dan persembahan makanan untuk Sau Deleur, termasuk kura-kura dan anjing.

Periode sejarah ini dikenang sebagai "Mwehin Sau Deleur" - "Waktu Penguasa Deleur".

Dinasti itu digulingkan oleh pahlawan budaya Isokelekel, yang menghancurkan Sau Deleurs dalam pertempuran besar.

Menyusul kemenangannya, Isokelekel membagi kekuasaan menjadi tiga kepala suku dan membentuk sistem pemerintahan terdesentralisasi yang disebut Nahnmwarki yang masih ada sampai sekarang.

Dia tinggal di Nan Madol tepatnya di pulau Peikapw.

Satu abad kemudian, penggantinya meninggalkan situs itu dan membangun tempat tinggal yang jauh dari Nan Madol.

Situs ini perlahan-lahan kehilangan hubungannya dengan prestise dan populasinya berkurang, meskipun upacara keagamaan terus diadakan di sini dari waktu ke waktu hingga akhir 1800-an.

Artefak yang ditemukan di Nan Madol termasuk alat-alat batu dan kerang, kalung, cincin lengan, ornamen “trolling lure”, porpoise yang dibor dan gigi kelelawar buah, kristal kuarsa, kalung manik-manik, tembikar, sisa-sisa makanan penyu dan tulang anjing, dan penumbuk besar digunakan untuk mengolah akar tanaman kava (Piper methysticum) menjadi minuman seremonial.