Performa kerja Ahmad Soekendro pun tak mengecewakan.

Pada 1957, saat perwira-perwira daerah resah dengan kebijakan Jakarta dan berniat menuntut opsi otonomi, Ahmad Soekendro pun menggelar operasi intelijen.

Tentu, operasi intelijen ini digelar atas perintah AH Nasution.

Orang-orang Sukendro masuk ke daerah dan menginfiltrasi pola pikir para perwira di daerah.

Hasilnya, saat suasana memuncak, praktis hanya komandan di Sumatra (PRRI) dan Sulut (Permesta) yang menyatakan diri berpisah dari Indonesia.

Lainnya menarik dukungan dan tetap berada di bawah naungan Merah Putih.

Kiprah Ahmad Soekendro pun tidak hanya terbatas pada lingkup nasional.

Seiring dengan tugas belajar yang diperolehnya di Amerika Serikat (AS), ia juga sukses menjalin kontak dengan CIA.

Beberapa program kerjasama TNI dan CIA, terbentuk lewat tangannya.

Sampai-sampai ada anggapan pada masa itu, sosok Soekendro-lah temali utama yang menghubungkan Nasution dan juga Achmad Yani dengan CIA.

Dalam satu dari beberapa versi skenario Gestok, berkat kecerdasan dan lobi baiknya dengan CIA, Ahmad Soekendro disebut-sebut sebagai satu orang yang layak dicurigai sebagai dalang.

Ini disebutkan dalam buku Menguak Misteri Kekuasaan Soeharto karangan FX. Baskara Tulus Wardaya.

Jika sempat dianggap sebagai dalang, lalu kenapa Ahmad Soekendro malah masuk daftar target PKI?

Soekendro ternyata termasuk sosok penting di tubuh militer.

Namanya masuk dalam grup jenderal elite yang dekat dengan AH Nasution maupun Ahmad Yani.

Belakangan grup jenderal elite ini dikenal sebagai Dewan Jenderal.