Berikut sejumlah kelas dan harga tiket KA Kertanegara dengan rute Stasiun Yogyakarta-Malang:

- KA Kertanegara kelas ekonomi (S) Rp 220.000

- KA Kertanegara kelas ekonomi (Q) Rp 230.000

- KA Kertanegara kelas ekonomi (P) Rp 240.000

- KA Kertanegara kelas ekonomi (C) Rp 250.000

- KA Kertanegara kelas ekonomi (CA) Rp 260.000

- KA Kertanegara kelas ekonomi (CB) Rp 270.000

- KA Kertanegara kelas ekonomi (CC) Rp 280.000

- KA Kertanegara kelas eksekutif (J) Rp 350.000

- KA Kertanegara kelas eksekutif (I) Rp 370.000

- KA Kertanegara kelas eksekutif (H) Rp 390.000

- KA Kertanegara kelas eksekutif (A) Rp 400.000

- KA Kertanegara kelas eksekutif (AA) Rp 410.000

- KA Kertanegara kelas eksekutif (AB) Rp 420.000

- KA Kertanegara kelas eksekutif (AC) Rp 430.000