Berbeda dengan KA Lokal, untuk perjalanan KA Jarak Jauh terdapat tambahan protokol kesehatan.

Bagi penumpang KA Jarak Jauh wajib melengkapi beberapa syarat yang tertera dalam Surat Edaran (SE) Gugus Tugas Covid-19 Nomor 7 Tahun 2020.

Seperti menunjukkan surat keterangan uji tes PCR dengan hasil negatif yang berlaku 7 hari atau surat keterangan uji Rapid-Test dengan hasil non reaktif pada saat keberangkatan atau menunjukkan surat keterangan bebas gejala seperti influenza (influenza-like illness) yang dikeluarkan oleh dokter rumah sakit/puskesmas bagi daerah yang tidak memiliki fasilitas test PCR dan/atau Rapid Test.

Calon penumpang diwajibkan memakai masker dan face shield selama di area stasiun, perjalanan KA dan sampai tiba di stasiun tujuan.

PT KAI juga menyediakan face shield untuk penumpang dewasa agar semakin memperkecil kemungkinan penyebaran Covid-19 melalui droplet pada perjalanan KA Jarak Jauh.

Penumpang yang membawa anak berusia di bawah 3 tahun, maka wajib menyiapkan face shield pribadi.

Face shield tersebut harus dikenakan selama dalam perjalanan dan tetap dipakai saat tiba di stasiun tujuan.

Pengaturan jarak di stasiun telah KAI atur termasuk pada ruang tunggu dan antrean pelanggan.

Adapun untuk menjaga jarak selama perjalanan, KAI hanya menjual tiket 70% dari kapasitas tempat duduk yang tersedia.

Selain 3M, KAI juga melakukan protokol kesehatan lainnya seperti pelanggan diharuskan dalam kondisi sehat (tidak menderita flu, pilek, batuk, demam), suhu badan tidak lebih dari 37,3 derajat celsius, dan diimbau menggunakan pakaian lengan panjang atau jaket.

Lebih lanjut lagi, selama perjalanan apabila penumpang kedapatan gejala Covid-19 atau suhu badan lebih dari 37,3 derajat celsius maka akan diturunkan di stasiun terdekat untuk dilakukan pemeriksaan lebih lanjut oleh dokter.

Apabila calon penumpang membeli tiket secara online lewat aplikasi KAI Access, Website resmi PT KAI, dan mitra penjualan resmi lain, maka berkas tersebut harus ditunjukkan kepada petugas ketika melakukan boarding (pengecekan tiket).

Namun calon penumpang juga bisa membeli tiket secara go show di stasiun keberangkatan sambil membawa berkas yang dimaksutkan untuk dicek petugas sebelum transaksi dilakukan.

Biasanya, pembelian tiket secara go show di stasiun akan dilayani tiga jam sebelum jadwal keberangkatan.

Lalu, untuk semua penumpang yang telah membeli tiket baik secara online maupun go show namun tidak melengkapi berkas tersebut maka tidak diperkenankan melakukan perjalanan.